在“史上最嚴”抗菌藥治理行動之下，有關新型抗菌藥研發的進程也正受到牽連。由于藥品銷售急速萎縮，以抗菌藥物為主營業務的藥企利潤大幅下滑，本來就對新藥研發動力不足的藥企似乎更失去了研發新型抗菌藥的興趣和能力。濫用抗菌藥導致的后果就是細菌的耐藥性迅速提高和播散。

　　“抗生素濫用是導致細菌耐藥性泛濫和傳播的罪魁禍首。合理使用抗生素是降低細菌耐藥性發生的重要方法和途徑。但是，抵御耐藥菌的泛濫和傳播必須加快新型抗菌藥物的發現和應用。”中國醫藥工業研究總院副院長陳代杰在接受記者采訪時說。

　　“以前公司的主要產品是抗生素，而現在一些新批的產品很難進入醫院銷售，抗菌藥的銷售可謂困難重重。”南京優科生物醫藥研究有限公司總經理晁陽告訴記者。

　　基于抗菌藥濫用的嚴峻事實，2011年以來，中國掀起了一場針對抗菌藥濫用的整治風暴。自2012年3月6日起，新一輪的整治行動再次打響，“限用令”范圍從普通公立醫院擴大到專科醫院。抗生素原料藥和成品藥企業的生存環境勢必更難。

　　“必須清醒地認識到，醫院抗菌藥物的品種和使用量的限制可能只是控制細菌耐藥性泛濫和發展的‘冰山一角’，并非真正意義上的‘合理用藥’。”陳代杰提出。不過，最令陳代杰擔憂的還是，“制藥企業可能會受到這種簡單限制，而放棄對新型抗菌藥研發的積極性，這對抗菌藥的研發影響才是深遠的。”

　　據中科院上海藥物研究所研究員楊玉社向記者介紹，我國抗菌藥一直以仿制西方過了專利保護期的藥品為主，自主研發的產品極少。新中國成立以來，自主研發的抗菌新藥總共不超過三四種。